Na ÚSKVBL působí 2 odbory provádějící laboratorní činnosti (odbor: Úřední laboratoř pro kontrolu veterinárních léčiv a odbor: Laboratoř pro sledování reziduí cizorodých látek). Oba odbory jsou sdruženy do funkčního útvaru Zkušební laboratoř ÚSKVBL, která je akreditována Českým institutem pro akreditaci, o.p.s.

Úřední laboratoř pro kontrolu veterinárních léčiv provádí kontrolu kvality veterinárních léčiv, která vyplývá z požadavků zákona č. 378/2007 Sb., o léčivech ve znění platných předpisů a kontrolu kvality veterinárních přípravků podle požadavků zákona č. 166/1999 Sb., o veterinární péči ve znění platných předpisů (zákon č. 332/2008 Sb., úplné znění zákona č. 166/1999). Laboratoř spolupracuje s ostatními úředními laboratořemi v rámci Evropské sítě úředních laboratoří pro kontrolu léčiv při Evropském ředitelství pro kvalitu léčiv a zdravotní péči (General European OMCL Network při EDQM).

Laboratoř pro sledování reziduí cizorodých látek provádí stanovení reziduí látek s anabolickým účinkem a nepovolených léčiv v biologických materiálech podle zákona č. 166/1999 Sb., o veterinární péči ve znění platných předpisů a jeho prováděcích vyhlášek. Laboratoř působí v České republice jako Národní referenční laboratoř pro rezidua látek, jejichž používání je u potravinových zvířat zakázáno.